Les arrêts maladie dans la fonction publique

On ne parle pas de salarié mais d’agent de la fonction publique.

Il existe essentiellement 3 fonctions publiques :

  • FPE : fonction publique d’état,
  • FPH :FP hospitalière,
  • FPT ( FP territoriale).

En cas d’arrêt de travail le motif de l’arrêt doit toujours être notifié clairement sur le volet 1 en précisant que ce volet 1 doit être conservé par l’agent afin de pouvoir le présenter au médecin agréé s’il doit le rencontrer. Il ne fournit donc pas le volet 1 à son employeur sauf en cas d’accident de service (appellation différente du régime général qui parle d’accident du travail) ou de demande de maladie professionnelle (dans ce cas le secret médical est levé, mais on peut se poser la question quand il s’agit de faire reconnaître une souffrance en lien avec le travail).

Il existe essentiellement 3 types d’arrêts maladie dans la fonction publique :

  • le congé de maladie ordinaire (MO),
  • le congé de longue maladie (CLM) ( appelé congé de grave maladie [CGM] pour les agents contractuels et ceux engagés à temps partiel  <80% qui relèvent de l’IRCANTEC et pas de la CNRACL ),
  • et enfin le congé de longue durée (CLD),
  • mais il faut citer aussi le CITIS (congé pour invalidité temporaire imputable au service) donc les arrêts en lien avec un accident de service ou une maladie professionnelle ou encore une maladie imputable au service. Depuis 2017 il y a présomption d’imputabilité pour les accidents de service ( pas pour les accidents de trajet) et pour les maladies professionnelles correspondant parfaitement au tableau des MP de la CPAM. 

Reprenons en détail :

  • Le congé MO peut durer jusqu’à 1 an (3 mois payés à 90% – depuis le 01/03/25 décret 2025-197 et 198 du 27/02/2025, avant c’était à plein traitement les 3 mois – et 9 mois à ½ salaire) au delà de 6 mois d’arrêt continu l’employeur (administration ou collectivité) doit faire contrôler l’arrêt par un médecin agréé. L’agent reprend le lendemain du dernier jour d’arrêt, sauf si l’arrêt dure 1 an ; il faut alors l’avis du CMFR (conseil médical formation restreinte) pour la reprise. 
  • Le CLM pour certaines pathologies (inscrites sur une liste [un peu équivalente à la liste des pathologies justifiant d’une ALD] ou non[art.3]) à condition que 3 critères soient réunis ( impossibilité de travailler, nécessité de traitement et de soins prolongés, pathologie invalidante et de gravité confirmée). C’est le conseil médical restreint qui donne un avis sur la demande de CLM de l’agent remise à son employeur. L’agent joint à sa demande écrite un certificat d’un médecin certifiant que son état de santé justifie la demande de CLM, et le médecin joindra, sous lettre spéciale « secret médical » destinée au président du conseil médical, un courrier détaillé justifiant la demande et joindra les éventuelles pièces médicales nécessaires en ce sens. Il faut l’avis du CMFR (conseil médical formation restreinte) pour accorder le CLM initial et le renouvellement au bout de la première période à taux plein (1 an), et pour chaque demande de renouvellement.
    Le CLM est de 3 ans au maximum (1 an à plein traitement, et 2 ans à demi-traitement). L’agent doit avoir repris le travail pendant 1 an pour retrouver des droits au CLM (en notant que le temps partiel est considéré comme un temps de travail). L’agent peut reprendre quand il veut au cours d’un CLM en fournissant un certificat d’aptitude établi par un médecin. Si l’arrêt dure jusqu’à la limite des 3 ans, il faut l’avis du CMFR pour la reprise.
  • Le CLD, pour certaines pathologies dont la liste est restreinte à 5 pathologies (tuberculose, poliomyélite, maladie mentale, affection cancéreuse, déficit immunitaire grave et acquis) peut durer 5 ans ( 3 ans à plein traitement, et 2 ans à demi-traitement). Pour qu’il soit accordé la pathologie doit aussi répondre aux 3 critères du CLM (impossibilité de travailler, nécessité de traitement et soins prolongés, pathologie invalidante et de gravité confirmée), c’est là encore le CMFR qui donne l’avis pour accorder la première année en CLM art 2 (= CLD) qui sera transformé en CLD au bout d’1 an (avec l’avis du CMFR), sauf si l’agent choisit de rester en CLM. Il doit alors formuler son choix par écrit. Pour toutes les demandes de renouvellement du CLD au delà des 3 ans de plein traitement il faudra l’avis du CMFR. L’agent peut reprendre quand il veut au cours d’un CLD en fournissant un certificat d’aptitude établi par un médecin. Si l’arrêt dure jusqu’à la limite des 5 ans, il faut l’avis du CMFR pour la reprise. Un agent ne peut avoir un CLD pour une des 5 pathologies listées qu’une seule fois dans sa carrière. Il peut bénéficier d’un autre CLD ( c’est le seul congé maladie qui peut interrompre en CLD en dehors de la DORS) dans une des 4 autres pathologies.
    Remarque: un agent qui a choisi de rester en CLM au bout de la première année ne pourra pas demander la transformation en CLD au titre de la même pathologie sauf s’il retrouve des droits à CLM, donc s’il reprend pendant 12 mois à l’issue du CLM.
  • La DORS (disponibilité d’office pour raison de santé)  suit l’épuisement des autres arrêts maladie (uniquement pour les  titulaires), si l’agent ne peut pas reprendre à l’issue mais que l’on peut envisager une amélioration de son état de santé. Elle peut durer 3 ans (jusqu’à 6 ans pour la FPE depuis le décret 2024-1222 du 27/12/24). Il faut l’accord du CMFR pour la mise en place, les renouvellements et la reprise.
  • Le CITIS dure le temps nécessaire pour que l’agent puisse reprendre le travail  sur son poste ou sur un poste de reclassement (ou jusqu’à sa mise en retraite pour invalidité s’il est déclaré inapte à toute fonction). Le CITIS peut-être accordé par l’administration sur avis d’un médecin agréé ou du médecin du travail sans l’avis du CMFP (conseil médical formation plénière). Cependant l’employeur peut demander l’avis d’un médecin agréé et du CMFP quand les arrêts et les soins se prolongent, et systématiquement l’avis du médecin agréé pour les arrêts qui durent plus de 6 mois et tous les ans afin de savoir si les arrêts et les soins sont toujours en lien avec la MP ou l’AS à l’origine du CITIS.  À la consolidation, il faudra l’avis du médecin agréé pour confirmer, et accorder une IPP voire une ATI (après l’avis aussi du CMFP).
  • Le jour de carence pour les fonctionnaires ( pour les contractuels aussi) ne s’applique que pour la maladie ordinaire, il n’existe pas de jour de carence lors du 2e arrêt pour la même pathologie si il survient dans les 48h de la reprise, il n‘existe pas pour les CLM et CLD, ni le CITIS.
  • Le TPT (ou temps partiel thérapeutique) peut-être accordé par période entre 1 et 3 mois et selon une quotité entre 50% et 90% ( pas moins de la moitié d’un temps plein) sur simple demande avec un certificat d’un médecin. Au delà du 3e mois il faut aussi l’accord d’un médecin agréé. En cas de désaccord entre le médecin (traitant ou non) et le médecin agréé on demande l’avis du CMFR. L’agent est rémunéré à taux plein pendant le TPT. Le TPT ne peut pas se prolonger au delà de 12 mois. Il faut une reprise effective à temps complet pendant 12 mois pour retrouver des droits à TPT
  • Il existe un régime à part pour certains ouvriers de la fonction publique, les OPA (ouvriers des parcs et ateliers) qui relèvent d’un vieux régime particulier et ne peuvent bénéficier d’un TPT qu’à la suite d’un arrêt d’une durée supérieure à 6 mois pour la même pathologie ; tous les congés maladie pour eux sont très particuliers mais ces OPA sont très peu nombreux, on en trouve encore  à la DREAL, et à la DIRMNAMO).

 

Récapitulatif : Les congés maladie des fonctionnaires selon leur statut :  contractuel, stagiaire, ou titulaire

Rappel les 3 critères du CLM (ou CGM) et CLD :

  1. Vous met dans l’impossibilité d’exercer vos fonction,
  2. rend nécessaire un traitement et des soins prolongés,
  3. et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée.

Rappel des conditions pour le TPT: vous pouvez être autorisé à travailler à temps partiel pour raison thérapeutique si vous êtes dans l’une des situations suivantes :

  • Le travail à temps partiel permet votre maintien ou votre retour à l’emploi et est reconnu comme pouvant favoriser l’amélioration de votre état de santé
  • Le travail à temps partiel vous permet de bénéficier d’une rééducation ou d’une réadaptation professionnelle pour retrouver un emploi compatible avec votre état de santé