La FMF est indépendante des parties politiques, de l’industrie pharmaceutique et du monde de l’assurance. En 2011, la FMF a été le premier et le seul à communiquer le montant des sommes allouées aux syndicats. La FMF est le seul syndicat à avoir refusé de signer la convention médicale 2011 avant sa publication. La FMF a toujours combattu l’avenant 8.