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SARS CoV2 (Covid-19) et environnement

Publié le 26 avril 2020, par Marcel GARRIGOU-GRANDCHAMP

Comment le Covid-19 se comporte-t-il dans l’environnement ?

Le SARS-CoV-2 est un virus « géant » appartenant à la famille des coronavirus, avec une enveloppe lipidique, mais son grand génome à ARN simple brin le rend probablement plus sensible aux UVC 1, ce qui donne un espoir d’affaiblissement de épidémie avec les beaux jours. C’est plus le rayonnement UV que la chaleur qui permettrait cette embellie (il faut des températures supérieures à 60° pour inactiver le virus)

Il est maintenant connu que le virus est excrété dans les selles et des experts pensent que la quantité de virus retrouvée dans les eaux usées pourrait être un marqueur local ou régional, du nombre de patients contaminés
Cette excrétion fécale est responsable d’une contamination des eaux usées et nous ignorons la durée de survie du Covid-19 dans cet environnement.


Pour faire un parallèle, la prévention de la Poliomyélite fait appel à 2 types de vaccins (le vaccin injectable inactivé Salk largement utilisé et le vaccin oral Sabin (réservé aux zones épidémiques) : initialement trivalent à virus vivant atténué, la souche 2 a été retirée (actuellement bivalent) afin justement d’éviter la contamination de l’environnement du fait de l’excrétion fécale et la résurgence de formes paralysantes de poliomyélite.

Je vous rassure de suite l’alimentation en eau potable n’est pas concernée par la contamination au Covid-19, en revanche la contamination des STations d’épuration des Eaux Usées (STEU) n’apparaît pas pour autant sans conséquence. On ne connait pas la durée de vie du virus dans cet environnement, ce qui pose question lorsque ces eaux sont utilisées en milieu urbain  :

  • Pour l’arrosage des espaces verts et des cimetières,
  • Pour les points d’eaux servant au nettoyage des rues par les cantonniers et les bouches à incendie (elles sont de temps en temps ouvertes par les citadins pour se rafraîchir en été !)
  • Pour le nettoyage de la voirie parfois avec des engins roulants pulvérisant l’eau sous pression qui peuvent être responsables de projections de gouttelettes et de vaporisation

Et en sortie de station d’épuration ces eaux sont déversées dans les rivières ou en mer. Ont-elles été totalement débarrassées du virus Covid-19 ? Dans le cas contraire la baignade, les activités nautiques voir la consommation de crustacés pourrait comporter un risque comme dans le cadre d’épidémies de Gastro-Entérites-Virales (GEV) qui ont contaminé les bassins des ostréiculteurs (voir article du Parisien sous ce lien).

D’après la revue The Lancet le Covid-19 mesurerait entre 0,1 et 0,15 microns ce qui est une taille importante pour un virus et à titre d’exemple celui de la fièvre jaune est 10 fois plus petit avec 0,02 microns et les plus petites des bactéries font 0,4 microns
Pour améliorer la performance de l’assainissement des eaux usées une solution consisterait à utiliser des membranes d’Ultra-filtration qui paraitraient suffisantes pour le Covid-19 avec des pores de 0,01 microns à la place du décanteur secondaire utilisé pour séparer les agents infectieux et les boues de l’eau ainsi traitée. Ce type d’installation retient les bactéries mais malheureusement pas TOUS les virus même si elle paraîtrait suffisante pour le Covid-19. On peut donc encore trouver certains plus petits virus dans l’eau traitée et aux endroits où cette eau usée est rejetée : rivières, fleuves, mer…

La meilleure solution serait d’installer ce même type de post-traitement mais au moyen de membranes de nano-filtration (pores de 0,001 microns) avec un seuil de coupure 10 fois inférieur à celui des membranes d’Ultra-filtration, qui traiterait l’eau en sortie des stations d’épuration avant leur rejet dans l’environnement. Tous les virus seraient alors retenus dans les boues qu’il faudrait continuer de traiter selon les préconisations de l’ANAES avant leur utilisation agricole. Mais ce post-traitement augmenterait évidemment les coûts de l’assainissement.

Il y a également le problème de la protection des personnels des services d’assainissement au contact des bassins d’aération et du devenir des boues en sortie de station d’épuration ; celles-ci sont donc contaminées et nécessitent obligatoirement un traitement avant leur utilisation courante qui est l’épandage comme engrais agricole.
La production des boues de STEU en France est de plus de 1 millions de tonnes de matière sèche. Plus de 70% de ces boues sont valorisés en agriculture, le reste est principalement incinéré.

L’Anses a donc été saisie en urgence le 20 mars 2020 par le Ministère de l’agriculture et de l’alimentation (Direction Générale de l’Alimentation) et le Ministère de la Transition écologique et solidaire (Direction générale de la prévention des risques et Direction générale de l’aménagement, du logement et de la nature) pour une demande d’appui scientifique et technique portant sur les risques éventuels liés à l’épandage de boues d’épuration urbaines durant l’épidémie de COVID-19.

Il ressort de l’étude de l’ANAES 2 que la meilleure stratégie d’élimination des coronavirus est le respect absolu des critères d’hygiénisation : [compostage, séchage thermique, digestion anaérobie thermophile et chaulage (traitement à la chaux vive ou éteinte) ] avant leur retour au sol associé à un renforcement STRICT des contrôles de ces procédés de traitement.

L’ANAES se prononce également sur la protection des travailleurs lors de l’intervention dans les STEU : « porter des équipements de protection individuelle (EPI) appropriés (HCSP, 2020). Le port d’EPI doit être associé à des réflexes d’hygiène (ex : lavage des mains, douche en fin d’activité) et à un comportement rigoureux (ex procédure d’habillage/déshabillage) » .

Dr Marcel GARRIGOU-GRANDCHAMP, Lyon 3è, CELLULE JURIDIQUE FMF


1 UVC  : Ils correspondent à la fraction des UV émise par le soleil qui ne se transmet que dans l’air. Parmi les UV (A, B et C) ce sont les rayonnements dont la longueur d’ondes est la plus courte (190 à 290 nm), ils sont donc extrêmement énergétiques. Cette énergie leur confère un pouvoir d’altération considérable sur les molécules biologiques (dont l’ADN et l’ARN), et ils sont d’ailleurs utilisés en stérilisation pour leur activité germicide.

2 ANAES :
https://www.anses.fr/fr/content/covid-19-les-boues-de-stations-d%E2%80%99%C3%A9puration-produites-pendant-l%E2%80%99%C3%A9pid%C3%A9mie-ne-peuvent-%C3%AAtre

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