En cas de contrôle fiscal, le Code des Finances Publiques fixe précisément les documents à présenter au contrôleur ET leur forme.

Depuis le 1er janvier 2014, en cas de comptabilité informatisée, le contribuable doit être capable de fournir un fichier au format FEC (Format d’Échange Comptable) de cette comptabilité.

Ce fichier doit être un fichier unique comportant à la fois les recettes et les dépenses, il n’est pas admis de fournir deux fichiers séparés.

 Le cas simple : comptabilité tenue par un expert-comptable :

L’expert-comptable est tenu à une obligation de moyens et d’information. Il doit donc tenir votre comptabilité à l’aide d’outils répondant aux obligations fiscales légales. C’est lui qui est responsable de votre comptabilité.

 Vous tenez vous-même une comptabilité informatisée

C’est là qu’il faut se renseigner. La réglementation est fixée par le BOFIP et détaillée dans l’Article A47A-1 du Livre des Procédures Fiscales. Le fichier d’export à fournir à l’administration fiscale doit correspondre à des normes strictes et comporter 18 éléments obligatoires PAR ÉCRITURE.

Cependant, devant la complexité de la mise en application, le Ministère des Finances a admis une certain nombre de simplifications le 22/09/2015.
En particulier, le recours à la comptabilité simplifiée est admis pour les recettes.
Rappelons que la comptabilité simplifiée consiste à enregistrer globalement certaines recettes : les recettes réglées en espèces de moins de 76 € et les recettes "chèque" en indiquant le total du bordereau de remise chèques en banque.
Cette option peut être pratique notamment si vous tenez vos recettes manuellement ou a fortiori si votre logiciel métier vous permet d’éditer les bordereaux de remise bancaire détaillés.
Attention : dans ce cas vous devez respecter impérativement les conditions de forme suivantes :

• Indiquer en comptabilité le détail des recettes espèces d’un montant unitaire supérieur à 76 € et conserver le détail des recettes espèces globalisées inférieures à ce montant. Le support peut-être manuel (carnet de rendez-vous).
  
• Conserver vos bordereaux de remise chèques comportant, encaissement par encaissement, le nom de vos clients. Vous devrez les numéroter en continu et veiller à rattacher les recettes perçues en décembre même si elles n’ont été déposées qu’au mois de janvier de l’année suivante.

 Comptabilités manuelles :

Elles doivent être tenues à l’encre, dans l’ordre chronologique, sans rature (les erreurs doivent être annulées clairement), sans blanc ni lacune (les lignes non remplies doivent être annulées par un trait transversal) et sans report en marge. Elles n’ont pas à être cotées et paraphées.

 En cas de contrôle fiscal

Il est admis de pouvoir utiliser un tableur du genre Excel ou OpenOffice pour servir de "brouillon", cette utilisation ne peut en revanche que servir de préalable à une comptabilité recopiée manuellement sur un cahier aux normes comptables.
Une impression de ce tableur ne sera pas acceptée par les services fiscaux.
Un fichier au format FEC ou une comptabilité manuelle doit êtrefourni au plus tard au deuxième rendez-vous avec l’administration fiscale, et au maximum 15 jours après la première demande.
Rappelez-vous qu’un contrôle fiscal peut remonter 3 ans en arrière (2 ans si on est adhérent d’une AGA). Recopier à la main 3 ou 4 ans de comptabilité peut vous occuper quelques soirées !

Les sanctions pour défaut de présentation, à l’occasion d’un contrôle fiscal, de FEC dématérialisés conformes sont lourdes : 5000 € par année vérifiée non conforme et éventuellement majoration de 100% des rappels d’impôt pour opposition à contrôle fiscal.